MT5でサイト構築中に見つけたバグがあったのでsixapartの「不具合、バグ、機能に関するリクエスト送信フォーム」から報告したところ、sixapartの中の人がFogBugz に 「104147 FB: "Change Settings" permission without "Set Publishing Paths" remove URL setting 」の登録をしていただいたようです。(自分で登録しても良かったのですが、英語に自身がなくて)
で、その後MTのPerlソースを読んでみたところ、直せそうだったので、パッチを作り、とりあえず対応しました。